En un sitio de investigación en la Antártida, el descubrimiento de una nave extraterrestre rápidamente se convierte en miedo cuando su experimento libera a un ser misterioso de su prisión congelada. La paranoia se extiende mientras una criatura que puede imitar cualquier cosa que toca enfrenta a los humanos entre sí mientras intenta sobrevivir.

Más de doscientos años después de su muerte, Ripley (Sigourney Weaver) vuelve a la vida gracias al empleo de técnicas avanzadas de clonación. Pero, durante el proceso, el ADN de Ripley se ha mezclado con el de la Reina Alien, por lo que Ripley empieza a desarrollar ciertas características de la peligrosa alienígena.

Después de que la tripulación del Enterprise encuentra una fuerza imparable de terror dentro de su propia organización, el Capitán Kirk lidera una persecución a un mundo en zona de guerra para capturar un arma de destrucción masiva de un solo hombre.

En un futuro cercano, la sonda espacial no tripulada Pilgrim 7 regresa de Marte a la órbita terrestre con una prueba de suelo que potencialmente contiene evidencia de vida extraterrestre. La sonda es capturada y sus muestras son recuperadas por la Estación Espacial Internacional y su tripulación de seis miembros. El astrobiólogo Hugh Derry, quien está paralizado de cintura para abajo, revive una célula dormida de la muestra, que rápidamente se convierte en un organismo multicelular al que los niños estadounidenses llaman "Calvin". Hugh se da cuenta de que las células de Calvin pueden cambiar su especialización, actuando como músculos, neuronas y células fotosensoriales al mismo tiempo.

El equipo de una nave colonizadora, con rumbo a un planeta remoto, descubre un paraíso inexplorado con una amenaza más allá de su imaginación, y deben intentar una escapada angustiante.